Die Diakonie-Stiftung-Osternburg hat zwei Organe: zum einen den Vorstand, zum anderen den Beirat. Alle Mitglieder sind ehrenamtlich tätig, so dass keine Personalkosten anfallen.
Der dreiköpfige Vorstand ist unter anderem für die laufenden Geschäfte und die Verwaltung des Stiftungsvermögens zuständig, auch entscheidet er über die Vergabe der Mittel.
Der fünfköpfige Beirat unterstützt und überwacht den Vorstand im Rahmen des Stiftungsgesetzes und der Stiftungssatzung. Die Stiftungsaufsicht führt der Oberkirchenrat der Ev.-Luth. Kirche in Oldenburg. Beim Finanzamt Oldenburg wird regelmäßig ein Freistellungsbescheid beantragt.
